Хермин пристига първо в Габрово. От писмо до братовчед му Константин Иречек, с дата 22 /10/ септември 1880 г., разбираме че той е пристигнал в града, с ясната идея да се запознае с българския език. И с голямата нагласа и намерения за едновременна изследователска дейност „поради обстоятелството, че тоя град лежи най-близо до геологически малко проучения Балкан“. Хермин описва сърдечният прием на Райчо Каролев, директор на габровската петокласна реална гимназия и изказва надеждата, без да отправя директно формулирана молба, за евентуално учителско назначение. Габрово е първият от няколкото български града в които е живял и работил Хермин Шкорпил - два пъти учител в Пловдив, след това в Сливен, София, Русе и във Варна, където се пенсионира. Хермин разбира прекрасно какви възможности му дава неговата нова родина. По собствено желание той се мести от град на град, за да може да опознае и да проучи по-добре уникалните природни богатства и скритите в нея древни съкровища.
Интересът на Карел Шкорпил към Търново датира още от 1886 г., когато посещава старата столица за пръв път. От това време са и първите му описания на търновските крепости и старини. По-късно, когато е преместен като учител в града, Карел започва активно да събира документални материали, да прави описания на крепостите в Търново и близката околност, да изработва карти на местностите и рисунки на по-забележителните паметници в района.
През 1893 г., след среща с княз Фердинанд, при негово посещение в Търново, на която най-вероятно е обсъждан въпросът за провеждане на археологически разкопки, Шкорпил подготвя „Рапорт за старините на Велико Търново и един проект за разкопките на старата българска столица“. Рапортът бил придружен от 37 таблици със снимки, скици и рисунки, проект за разкопки и първият план на старинния град, който е актуален и до днес. Шкорпил описва отделните части на някогашното Търново: Момина крепост, Царевец, Трапезица, Долна махала и Френк хисар. Подробно разглежда крепостните стени, портите и т.нар. „Балдуинова кула“. Накратко се спира и върху крепостите и манастирите в околностите на Търново.
До реализирането на този проект не се е стигнало, а през 1900 г. княз Фердинанд кани френския археолог Жорж Сьор да проведе разкопките в Търново. С това, както отбелязва Кръстю Миятев -
„приключиха заниманията на Шкорпил със „старата българска столица Велико Търново“. Той не се върна повече към нея може би защото разкопаването и проучването й беше поверено на чужденец или по-скоро защото вниманието му между 1899 и 1905 г. беше изцяло погълнато от разкопаването, изследването и обнародването на материалите на друга българска столица – Плиска“.
Още при първото си посещение през 1887 г. Карел Шкорпил проявява голям интерес към внушителните развалини край село Абоба, Новопазарско, определяни от неколцина пътешественици и изследователи преди него като римски лагер. Още тогава „при първата си обиколка“ той се уверява, че тук не може да става въпрос за римски лагер и пише:
„В 1887 г. минах през Върбишкия проход от Сливен в Северна България, към центъра на Първото българско царство – Шуменското поле, към първите му центрове – Върбица, Преслав, Мадара и Абоба. Най-силно впечатление ми направи Абобския лагер със своето положение, размери, развалини на централната му крепостна стена, на големи постройки и други паметници, намерени до тогава в абобските развалини и близката околност. Още при първата си обиколка се уверих, че тук не може да се касае за лагер от римско време […] Пред мен се е явил един от най-големите и най-любопитни въпроси и реших да се огранича главно при моите нови проучвания с тази неразрешена задача. За да бъда наблизо […] поисках преместването си от Сливен във Варна.“.
Тези страни, в които днес живеят българите, в старо време са били обиталище на различни други народи, от които едни с изминаването на времето съвсем измрели, а други са се смесили с други племена, та са съставяли така други народи с ново име. Още в дрезгавините на на историческото време, тези земи били населени с тракийци – народ, който само по името си изчезва тогава, когато дошли славяни на Балканский полуостров”...
Така започва първата книга, която през 1885 г. Карел Шкорпил заедно с брат си Владислав Шкорпил, публикува в България. Тя се нарича „Някои бележки върху археологическите и исторически изследвания в Тракия”, и е написана само седем години след идването на младия чешки изследовател в тази напълно непозната и – вероятно отначало доста чужда за него страна. Няма съмнение, че материалите за това издание са събирани и описани от самия Карел, докато тяхната науча интерпретация се дължи отчасти (или в значителна степен) на неговия по-голям брат Владислав Шкорпил.
Книгата им има успех, чрез нея българските читатели за пръв път разбират и оценяват, колко богата на старини е тяхната родина и това несъмнено допринасяло за повишаване тяхното самочувствие като граждани на вече свободна България.
Младият учител Карел Шкорпил и бъдещ бележит учен – сякаш без да ще, поставя началото на системното изучаване на тракийската култура у нас.
През 1882 г. в Първия годишен отчет на Областната реална гимназия в Сливен Х. Шкорпил публикува статията „Геологическа карта на Южна България“, което е първото обобщение за минералните богатства на нашата страна с обосновка за необходимостта от „практическото значение на познаване на камъните“. В тази обяснителна записка на геологическа карта, Шкорпил казва „За нейната точност трябва да спомена, че съм следвал научните си издирвания неуморимо през цели две години, като съм се водил от издирванията на моите предшественици.“ В края на същата година излиза от печат самата карта, отпечатана в Прага, за което се съобщава във вестник Народний глас № 347
През 1888 г. излиза първата обща книга на Хермин и Карел Шкорпил „Паметници от Българско, Част І. Сакар планина и околностите й”. В нея те разглеждат характерните за Сакарския и за Странджанския край долмени – древни мегалитни гробници и светилища. Изградени обикновено от огромни, грубо оформени каменни плочи, представляващи най-ранните опити за специфична архитектура у траките – гробнична и религиозна.
Двамата братя свързват тези паметници с тракийската народност и тяхната най-древна, известна дотогава култура. Широките им познания и работата с чужда археологическа литература им позволяват да дадат точни описания и интерпретации, и да включат в своята публикация и някои визуално близки паралели от други части на Европа. Те сравняват своите открития в Югоизточна България с подобни мегалитни структури, срещани в Южна Тракия (Одринско) и в различни райони на Западна Европа.
„Русенският период“ на братя Шкорпил е основополагащ за музейното дело в града, чрез откритите от Карел Шкорпил тук и в региона археологически обекти и събраните от Хермин експонати, обявени официално на 1 януари 1904 г. под името Археологически музей при реална гимназия „Княз Борис“. Карел прави първите проучвания и на богатото със старини поречие на р. Русенски Лом през 1887 и 1892 г., както и през 1912 г., като пратеник на Комисията за старините при Народния археологически музей. Той ги систематизира и описва в издадената през 1914 г. първа книга от Материали за археологическа карта на България, която по думите на археолога д-р Богдан Филов – „Ще остане като образец и на бъдещите изучавания от този род“.